Сайт спасён! Большое спасибо за маленькую подсказку. Для тех, у кого может возникнуть схожая проблема, распишу путь решения, который "чинит" битые ссылки. Клиент по какой-то причине пропустил файл .htaccess, а так как дело было глубоко за полночь, этого я просто не заметил. Так вот, ситуация исправляется простым ручным добавлением .htaccess в каталог с системой (как вариант, из дистрибутива, он там есть) и вуаля, внутренние ссылки становятся активными! Надпись про .htaccess сверху как следствие пропадает.